齋藤研究室

Bioinformatics for Bioengineering

私たちは、機械学習やバイオインフォマティクスなどの情報科学的アプローチに基づき、大量データの解析から生命を理解すること、その知見を生体分子の設計や制御へ応用することに興味を持っています。最近では、実験ロボットを使ったバイオ実験の自動化にも興味を持っています。

お知らせ

大学院生、学振PDを募集しています！[人材募集]

2024.04.18

論文「Functional enhancement of flavin-containing monooxygenase through machine learning methodology」がACS Catalysisに採択されました。[論文誌HP]
2024.03.21

毎日新聞のタンパク質設計AIに関する記事の作成に協力させていただきました。私たちの機械学習によるタンパク質機能改変に関する研究についてもご紹介いただいています。[毎日新聞]
2024.01.04

論文「Extensive antibody search with whole spectrum black-box optimization」がScientific Reportsに採択されました。[論文誌HP]
2024.01.04

Adrien Mialland（産総研特別研究員）が研究室に参加しました。[メンバー]
2023.12.27

河合塾が運営する高校生向けの研究紹介サイト「みらいぶっく」にて、私たちの人工知能を用いたタンパク質デザインに関する研究が紹介されました。[みらいぶっく]
2023.11.20

学生の辺の筆頭論文「VeloPro: A pipeline integrating Ribo-seq and AlphaFold deciphers association patterns between translation velocity and protein structure features」がiMetaに採択されました。[論文誌HP]
2023.11.14

学生の出口が第61回日本生物物理学会年会にて発表を行います。[学会HP]
2023.11.12

学生の辺がInCoB 2023にて発表を行います。[学会HP]
2023.11.03

学生の王芸澄が第32回日本バイオイメージング学会学術集会にて発表を行います。[学会HP]
2023.10.04

齋藤が研究分担者としてJST GteXに採択されました。
2023.09.21

齋藤が公益社団法人新化学技術推進協会ライフサイエンス技術部会反応分科会技術セミナー「タンパク質の予測・設計を学ぶ」にて講演を行います。[学会HP]
2023.09.19

齋藤が主たる共同研究者としてJST CRESTに採択されました。また、助教の飯田が研究代表者としてJST ACT-Xに採択されました。
2023.09.09

学生の靳が日本バイオインフォマティクス学会2023年年会にて優秀ポスター賞を受賞しました。[学会HP]
2023.09.07

学生の辺、張、王芸澄、靳、出口、鬼塚、勝木、博士研究員のSyatilaが日本バイオインフォマティクス学会2023年年会にて発表を行います。[学会HP]
2023.08.25

卒業生の山口と齋藤が日経サイエンスの特集記事「大規模言語モデル科学を変えるAI」の作成に協力しました。「タンパク質を語る言語」と題して、タンパク質言語モデルの現状や、酵素の基質特異性改変に関する私たちの研究について紹介しています。[雑誌HP]
2023.08.25

齋藤が大阪大学インタラクティブ物質科学・カデットプログラム第9回インタラクティブ交流会にて講演を行います。[学会HP]
2023.06.03

卒業生の山口の解説記事「タンパク質の言語モデル」がJSBi Bioinformatics Reviewに掲載されました。[雑誌HP]
2023.05.17

齋藤が研究代表者としてNEDO先導研究プログラムに採択されました。
2023.04.21

論文「A multiomics atlas of brown adipose tissue development over time」がEndocrinologyに採択されました。[論文誌HP]
2023.04.01

齋藤が研究分担者として科研費学術変革領域研究（A）計画研究に採択されました。
2023.04.01

飯田、来見田（北里大学助教）、野口（日本学術振興会特別研究員PD）、董、王（東京大学修士課程）、靳、出口（東京大学博士課程）が研究室に加入しました。[メンバー]
2023.03.04

齋藤が情報処理学会の企画イベントIPSJ ONE 2023にて「人工知能でタンパク質をデザイン～無限に広がる機能性タンパク質の世界」と題して講演を行います。[学会HP] [YouTube]
2023.02.04

論文「Engineering the substrate specificity of toluene degrading enzyme XylM using biosensor XylS and machine learning」がACS Synthetic Biologyに採択されました。[論文誌HP]
2023.01.23

論文「Selection of target-binding proteins from the information of weakly enriched phage display libraries by deep sequencing and machine learning」がmAbsに採択されました。[論文誌HP]
2023.01.20

学生インターン（Spanish National Research Council (CSIC)）のGonzalo Molpeceresが研究室に加入しました。[メンバー]
2022.12.02

学生の山口の筆頭論文「EvoOpt: an MSA-guided, fully unsupervised sequence optimization pipeline for protein design」がMachine Learning in Structural Biology Workshop, NeurIPS2022に採択されました。[学会HP] [論文PDF]
2022.11.25

齋藤の解説記事「深層学習によるタンパク質の機能予測と設計」が生物工学会誌に掲載されました。[雑誌HP]
2022.10.13

ポスドク研究員の公募を開始しました。[JREC-IN公募ページ]
2022.10.03

ポスドク研究員（産総研特別研究員）のNur Syatila Binti Ab Ghaniが研究室に加入しました。[メンバー]
2022.09.15

学生の山口が日本バイオインフォマティクス学会2022年年会にて優秀ポスター賞を受賞しました。[学会HP]
2022.09.13

学生の山口、辺、沈、王、土岐が日本バイオインフォマティクス学会2022年年会にて発表を行います。また、齋藤がハイライトトラックにて発表を行います。[学会HP]
2022.09.03

学生の王が第31回日本バイオイメージング学会学術集会にて発表を行います。[学会HP]
2022.08.22

学生インターン（静岡県立大学大学院生）の松下が研究室に加入しました。[メンバー]
2022.08.08

学生インターン（電気通信大学大学院生）の勝木が研究室に加入しました。[メンバー]
2022.07.29

齋藤が日本バイオインフォマティクス学会（JSBi）より2022年度Oxford Journals JSBi Prizeを受賞しました。[JSBi HP]
2022.06.11

齋藤が日本環境変異原ゲノム学会公開シンポジウム「環境変異原ゲノム研究を革新する解析技術～基礎から最先端まで～」にて講演を行います。[学会HP]
2022.05.20

齋藤が新化学技術推進協会（JACI）より第11回新化学技術研究奨励賞を受賞しました。[JACI HP]
2022.05.18

論文「AI and computational chemistry-accelerated development of an alotaketal analogue with conventional PKC selectivity」がChemical Communicationsに採択されました。[論文誌HP]
2022.04.29

ポスドク研究員の公募を開始しました。[JREC-IN公募ページ]
2022.04.26

学生の張がAPBC 2022で発表を行います。[学会HP]
2022.04.14

齋藤が株式会社サードウェーブ / 週刊BCN 共催セミナー「日本AI市場の今と未来を語る！～AI活用で変わる私たちの社会とビジネス～」にて講演を行います（録画での出演）。[学会HP]
2022.04.01

ポスドク研究員（産総研特別研究員）の野口、大学院生（東京大学修士課程）の鬼塚が研究室に加入しました。[メンバー]
2022.02.28

齋藤が研究代表者として科研費基盤（B）に採択されました。また、研究分担者として科研費基盤（A）に採択されました。
2022.02.15

学生インターン（東京大学学部生）の土岐が研究室に加入しました。[メンバー]
2021.12.06

研究室Webサイトをリニューアルしました。
2021.12.02

こちらの論文の研究成果がWeb news、新聞等で紹介されました。日本経済新聞電子版;
2021.11.19

齋藤の筆頭論文「Machine-learning-guided library design cycle for directed evolution of enzymes: the effects of training data composition on sequence space exploration」がACS Catalysisに採択され、掲載号のCover Artに選出されました。[論文誌HP] [Cover Art] [東北大プレスリリース] [理研プレスリリース]
2021.10.01

大学院生（東京大学博士課程）の辺、姜が研究室に加入しました。[メンバー]
2021.09.27

学生の山口、福永、鬼塚が日本バイオインフォマティクス学会2021年年会にて発表を行います。また、齋藤が企画セッション「バイオDX」にて講演を行います。[学会HP]
2021.07.31

学生の山口がISMB / ECCB 2021のSpecial Session: Representation learning in biologyにてBest Talk Award (First Prize)を受賞しました。[学会HP]
2021.07.25

学生の山口がISMB / ECCB 2021で発表を行います。[学会HP]
2021.07.22

論文「Machine learning approach for discrimination of genotypes based on bright-field cellular images」がnpj Systems Biology and Applicationsに採択されました。[論文誌HP]
2021.06.29

学生の山口の筆頭論文「Evotuning protocols for Transformer-based variant effect prediction on multi-domain proteins」がBriefings in Bioinformaticsに採択されました。当研究室の学生が筆頭著者を務める初の論文です！[論文誌HP]
2021.06.18

学生の山口が第21回日本蛋白質科学会年会にてポスター賞を受賞しました。[学会HP]
2021.06.16

学生の山口が第21回日本蛋白質科学会年会にて発表を行います。[学会HP]
2021.05.28

論文「Comparative analysis of the relationship between translation efficiency and sequence features of endogenous proteins in multiple organisms」がGenomicsに採択されました。[論文誌HP]
2021.05.28

解説記事「機械学習を用いたタンパク質デザイン」が生物物理に掲載されました。[雑誌HP]
2021.05.21

齋藤が研究分担者としてAMED次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業に採択されました。
2021.04.06

論文「Rational thermostabilisation of four-helix bundle dimeric de novo proteins」がScientific Reportsに採択されました。[論文誌HP]
2021.04.01

大学院生（東京大学修士課程）の沈、王が研究室に加入しました。[メンバー]
2021.02.25

論文「Adipose-derived mesenchymal stem cells differentiate into heterogeneous cancer-associated fibroblasts in a stroma-rich xenograft model」がScientific Reportsに採択されました。[論文誌HP]

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