ソフトウェア

Cosearge

HiC-seqによって測定されるゲノム3次元構造データから空間的に近接している遺伝子の集まり（共局在遺伝子）を網羅的に検出するツールです。 HiCコンタクト行列と遺伝子アノテーションを入力として、共局在遺伝子とその統計的有意性のリストを出力します。 [第6回生命医薬情報学連合大会（IIBMP 2016）優秀ポスター発表賞; 論文準備中]

Bisulfighter, ComMet

bisulfite-seqによって測定されたDNAメチル化データを解析するツールです。 Bisulfighterはリードマッピングとメチル化変化領域（differentially methylated region; DMR）の検出を行う解析パイプラインです。 リードマッピングではLASTという確率理論に基づくアラインメントツールを使用しています。 DMR検出では隠れマルコフモデル（HMM）に基づくComMetという独自のツールを使用しています。 [Saito et al. Nucleic Acids Res. 2014; Saito et al. BMC Genomics. 2015]

BPLA Kernel

RNA配列の類似度を2次構造を考慮して計算するツールです。 カーネル関数としての性質を満たすため、サポートベクターマシン（SVM）などのカーネルベースの機械学習手法に組み込むことができます。 これまでにノンコーディングRNAの様々な解析に使用されており、ゲノム配列からのファミリー探索、クラスタリングによるファミリー発見、プロファイル比較など応用範囲は多岐に渡ります。 [Morita and Saito et al. Nucleic Acids Res. 2009; Saito et al. BMC Bioinformatics. 2010; etc]