Saito Lab, Kitasato University, AIST & The University of Tokyo

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japanese

Students' activities

Our lab encourages students' research publications.
In this page, students' papers, conference presentations, and prizes are listed.

Papers

  1. Hongyi Shen, *Yutaka Saito. Protein-compound interaction prediction using microbial chemical communication network. IPSJ Transactions on Bioinformatics, 17(1):27-32, 2024. 10.2197/ipsjtbio.17.27. IPSJ Yamashita Research Award 2024.
  2. Bian Bian, Toshitaka Kumagai, *Yutaka Saito. VeloPro: A pipeline integrating Ribo-seq and AlphaFold deciphers association patterns between translation velocity and protein structure features. iMeta, 2(4):e148, 2023. doi: 10.1002/imt2.148.
  3. *山口 秀輝, 齋藤 裕. タンパク質の言語モデル. JSBi Bioinformatics Review, 4(1):52-67, 2023. doi: 10.11234/jsbibr.2023.1.
  4. Yuki Ogawa, Yutaka Saito (Joint First Author), Hideki Yamaguchi, Yohei Katsuyama, Yasuo Ohnishi. Engineering the substrate specificity of toluene degrading enzyme XylM using biosensor XylS and machine learning. ACS Synthetic Biology, 12(2):572-582, 2023. doi: 10.1021/acssynbio.2c00577.
  5. *Hideki Yamaguchi, Yutaka Saito. EvoOpt: an MSA-guided, fully unsupervised sequence optimization pipeline for protein design. Machine Learning in Structural Biology Workshop, The 36th Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2022). [Conference Link] [Paper PDF]
  6. Hideki Yamaguchi, *Yutaka Saito. Evotuning protocols for Transformer-based variant effect prediction on multi-domain proteins. Briefings in Bioinformatics, 22(6):bbab234, 2021. doi: 10.1093/bib/bbab234. bioRxiv.

Conference presentations

  1. Jichen Zhang, Yutaka Saito. De novo 5mC methylation detection in prokaryotes via PacBio sequencing with machine learning. The 1st Asia and Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC 2024). Okinawa, Japan. Oct 22 - Oct 25, 2024.
  2. Teppei Deguchi, Yoichi Kurumida, Shinji Iida, Kaito Kobayashi, Yutaka Saito. Data efficient protein function improvement by machine learning with molecular simulation and protein language model. The 1st Asia and Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC 2024). Okinawa, Japan. Oct 22 - Oct 25, 2024.
  3. Dingnan Jin, Jichen Zhang, Yutaka Saito. MOGAVAE: Multi-omics data integration for biomedical classification using graph attention variational autoencoder. The 1st Asia and Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC 2024). Okinawa, Japan. Oct 22 - Oct 25, 2024.
  4. Yicheng Wang, Nur Syatila Ab Ghani, Shungo Adachi, Kaoru Katoh, Masakazu Namihira, Toutai Mitsuyama, Yutaka Saito. Image-based epigenetic profiling using machine learning and high-speed super-resolution microscopy with applications to Rett syndrome cells. The 1st Asia and Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC 2024). Okinawa, Japan. Oct 22 - Oct 25, 2024.
  5. 出口 鉄平, 来見田 遥一, 飯田 慎仁, 小林 海渡, 齋藤 裕. 機械学習と分子シミュレーション・タンパク質言語モデルによるデータ効率的なタンパク質変異効果予測. 機械学習と分子シミュレーション・タンパク質言語モデルによるデータ効率的なタンパク質変異効果予測. 生命情報科学若手の会 第16回年会. ニューウェルシティ湯河原, 静岡県. 9/14 - 9/16, 2024.
  6. 出口 鉄平, 来見田 遥一, 飯田 慎仁, 小林 海渡, 齋藤 裕. 機械学習と分子シミュレーション・タンパク質言語モデルによるデータ効率的なタンパク質変異効果予測. 第64回 生物物理若手の会夏の学校. 定山渓万世閣 ホテルミリオーネ, 北海道. 8/26 - 8/29, 2024.
  7. Teppei Deguchi, Yoichi Kurumida, Shinji Iida, Yutaka Saito. Data efficient protein function improvement by machine learning with molecular simulation. The 21st International Union for Pure and Applied Biophysics Congress (IUPAB 2024). Kyoto, Japan, Jun 24 - Jun 28, 2024.
  8. Hongyi Shen, Yutaka Saito. Protein-compound interaction prediction using microbial chemical communication network. 情報処理学会 第76回 BIO合同研究発表会. 東京電機大学東京千住キャンパス, 東京都. 11/29, 2023. Best Presentation.
  9. 出口 鉄平, 飯田 慎仁, 齋藤 裕. MDシミュレーション・レプリカ交換モンテカルロ法と機械学習によるデータ効率的なタンパク質機能改良. 第61回 日本生物物理学会年会. 名古屋国際会議場, 愛知県. 11/14 - 11/16, 2023.
  10. Bian Bian, Jichen Zhang, Yutaka Saito. Translation velocity harmonization: an innovative approach towards mRNA design through the integration of ribosome profiling and deep learning. The 22nd International Conference on Bioinformatics (InCoB 2023). Brisbane, Australia. Nov 12 - Nov 15, 2023.
  11. Yicheng Wang, Nur Syatila Ab Ghani, Munmee Dutta, Shungo Adachi, Kaoru Katoh, Masakazu Namihira, Toutai Mitsuyama, Yutaka Saito. Imaged-based profiling of epigenetic changes in VPA-treated HEK293 cells using machine learning and high-speed super-resolution microscopy. 第32回 日本バイオイメージング学会学術集会. 北海道大学学術交流会館, 北海道. 11/3 - 11/5, 2023.
  12. 出口 鉄平, 飯田 慎仁, 齋藤 裕. 分子シミュレーション・レプリカ交換モンテカルロ法と機械学習を用いたデータ効率的なタンパク質機能改良. 生命情報科学若手の会 第15回年会. 松濤軒, 千葉県. 10/7 - 10/9, 2023.
  13. 鬼塚 智大, 齋藤 裕. タンパク質の多要素の最適化にむけたマルチタスク学習手法の開発. 生命情報科学若手の会 第15回年会. 松濤軒, 千葉県. 10/7 - 10/9, 2023.
  14. Dingnan Jin, Yutaka Saito. Protein sequence design based on large-scale language models and reinforcement learning optimization. 日本バイオインフォマティクス学会2023年年会, 第12回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2023). 柏の葉カンファレンスセンター, 千葉県. 9/7 - 9/9, 2023. Best Poster Presentation.
  15. 勝木 陸, 福永 秀蔵, 山口 秀輝, 齋藤 裕. ホモログ適応度地形のトランスロケーションによる変異効果予測の精度向上. 日本バイオインフォマティクス学会2023年年会, 第12回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2023). 柏の葉カンファレンスセンター, 千葉県. 9/7 - 9/9, 2023.
  16. Bian Bian, Jichen Zhang, Yutaka Saito. Enhancing mRNA sequence design in diverse organisms by deep learning and genetic algorithm for translation velocity harmonization. 日本バイオインフォマティクス学会2023年年会, 第12回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2023). 柏の葉カンファレンスセンター, 千葉県. 9/7 - 9/9, 2023.
  17. Teppei Deguchi, Shinji Iida, Yutaka Saito. Data efficient protein function improvement by machine learning with MD simulation and replica exchange Monte Carlo method. 日本バイオインフォマティクス学会2023年年会, 第12回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2023). 柏の葉カンファレンスセンター, 千葉県. 9/7 - 9/9, 2023.
  18. 鬼塚 智大, 齋藤 裕. タンパク質の多要素の最適化にむけたマルチタスク学習手法の開発. 日本バイオインフォマティクス学会2023年年会, 第12回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2023). 柏の葉カンファレンスセンター, 千葉県. 9/7 - 9/9, 2023.
  19. Jichen Zhang, Yutaka Saito. Enhancing PacBio DNA 5-methylcytosine detection by semi-supervised learning. ホモログ適応度地形のトランスロケーションによる変異効果予測の精度向上. 日本バイオインフォマティクス学会2023年年会, 第12回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2023). 柏の葉カンファレンスセンター, 千葉県. 9/7 - 9/9, 2023.
  20. Nur Syatila Ab Ghani, Yicheng Wang, Munmee Dutta, Shungo Adachi, Kaoru Katoh, Masakazu Namihira, Toutai Mitsuyama, Yutaka Saito. Imaged-based profiling of epigenetic changes in VPA-treated HEK293 cells using machine learning and high-speed super-resolution microscopy. 日本バイオインフォマティクス学会2023年年会, 第12回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2023). 柏の葉カンファレンスセンター, 千葉県. 9/7 - 9/9, 2023.
  21. Yicheng Wang, Toutai Mitsuyama, Yutaka Saito. Development of AI-driven digital twins for motion control learning in laboratory automation. 日本バイオインフォマティクス学会2023年年会, 第12回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2023). 柏の葉カンファレンスセンター, 千葉県. 9/7 - 9/9, 2023.
  22. 山口 秀輝, 齋藤 裕. Multiple sequence alignmentにより制約されたデータ効率的なタンパク質配列設計. 日本バイオインフォマティクス学会2022年年会, 第11回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2022). 千里ライフサイエンスセンター, 大阪府. 9/13 - 9/15, 2022.　Best Poster Presentation.
  23. Hongyi Shen, Yutaka Saito. 生物―化合物ネットワーク情報を利用したタンパク質化合物相互作用予測手法の精度向上. 日本バイオインフォマティクス学会2022年年会, 第11回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2022). 千里ライフサイエンスセンター, 大阪府. 9/13 - 9/15, 2022.
  24. Seiji Toki, Yutaka Saito. BERTを用いたヌクレオソーム親和性の予測. 日本バイオインフォマティクス学会2022年年会, 第11回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2022). 千里ライフサイエンスセンター, 大阪府. 9/13 - 9/15, 2022.
  25. Yicheng Wang, Shungo Adachi, Kaoru Katoh, Masakazu Namihira, Toutai Mitsuyama, Yutaka Saito. Image-based epigenetic profiling combining machine learning and high-speed super-resolution microscopy. 日本バイオインフォマティクス学会2022年年会, 第11回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2022). 千里ライフサイエンスセンター, 大阪府. 9/13 - 9/15, 2022.
  26. Bian Bian, Toshitaka Kumagai, Yutaka Saito. Large-scale association analysis of translation velocity and protein features among diverse organisms: towards mRNA design optimizing co-translational folding. 日本バイオインフォマティクス学会2022年年会, 第11回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2022). 千里ライフサイエンスセンター, 大阪府. 9/13 - 9/15, 2022.
  27. Yicheng Wang, Shungo Adachi, Kaoru Katoh, Masakazu Namihira, Toutai Mitsuyama, Yutaka Saito. Image-based epigenetic profiling combining machine learning and high-speed super-resolution microscopy. 第31回 日本バイオイメージング学会学術集会. 大阪大学銀杏会館, 大阪府. 9/3 - 9/5, 2022.
  28. Jichen Zhang, Yutaka Saito. Increasing the training dataset for improving 6mA fraction estimation. The 20th Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2022). Online, Apr 26 - Apr 28, 2022.
  29. Hideki Yamaguchi, Yutaka Saito. Evotuning protocols for Transformer-based variant effect prediction on multi-domain proteins. 日本バイオインフォマティクス学会2021年年会, 第10回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2021). オンライン開催. 9/27 - 9/29, 2021.
  30. 鬼塚 智大, 山口 秀輝, 齋藤 裕. 抗体医薬品の多要素の最適化にむけたマルチタスク学習手法の開発. 日本バイオインフォマティクス学会2021年年会, 第10回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2021). オンライン開催. 9/27 - 9/29, 2021.
  31. 福永 秀蔵, 山口 秀輝, 齋藤 裕. 配列空間における適応度地形のトランスロケーションを用いた変異効果予測の精度向上. 日本バイオインフォマティクス学会2021年年会, 第10回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2021). オンライン開催. 9/27 - 9/29, 2021.
  32. 山口 秀輝, 齋藤 裕. Protein language modelsによるzero-shot機能予測および配列探索. 日本バイオインフォマティクス学会2021年年会, 第10回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2021). オンライン開催. 9/27 - 9/29, 2021.
  33. Hideki Yamaguchi, Yutaka Saito. Evotuning protocols for Transformer-based variant effect prediction on multi-domain proteins. The 29th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and The 20th European Conference on Computational Biology (ISMB / ECCB 2021). Online, Jul 25 - Jul 30, 2021. Best Talk Award (First Prize).
  34. Hideki Yamaguchi, Yutaka Saito. Accurate prediction of variant effects by efficient incorporation of evolutionary information into Transformer-based deep learning. 第21回 日本蛋白質科学会年会. オンライン開催. 6/16 - 6/18, 2021. Best Poster Presentation.
  35. Hideki Yamaguchi, Yutaka Saito. Evolutionary training protocols for deep representation learning of multi-domain proteins. 日本バイオインフォマティクス学会2020年年会, 第9回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2020). オンライン開催. 9/1 - 9/3, 2020. Best Poster Presentation.
  36. Shuzo Fukunaga, Hideki Yamaguchi, Yutaka Saito. 深層表現学習によるタンパク質の指向性進化と自然進化の関連解析. 日本バイオインフォマティクス学会2020年年会, 第9回 生命医薬情報学連合大会 (IIBMP 2020). オンライン開催. 9/1 - 9/3, 2020. Best Poster Presentation.
  37. Shuzo Fukunaga, Hideki Yamaguchi, Yutaka Saito. 深層表現学習によるタンパク質の指向性進化と自然進化の関連解析. 生命情報科学若手の会 第12回研究会. オンライン開催. 8/27 - 8/28, 2020. Best Activator Award.

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